Su demolición fue considerada una herejía arquitectónica incluso en los mismos momentos en que “la pica irreverente se cebó en los recios muros de su iglesia y del primer claustro”.  Sin embargo,  a pesar de las protestas de unos cuantos, tres años después de que la edificación se vendiera en subasta pública y fuera adquirida por Zaldo  y  Cía. —en 1916—, se comenzó la construcción de un moderno centro comercial que por razones económicas no se materializó. La sombra del viejo Convento de San Juan de Letrán —también conocido como convento de la Orden  de Santo Domingo—,  algo mutilado y casi en ruinas, conservó  unos cuantos años más , parte de sus muros, galerías y claustros.  Luego,  por otras ambiciones tan implacables como las comerciales,  se levantó  un esperpento que borró del todo la reliquia.

El arquitecto cubano Joaquín E. Weiss lamentó que no quedara al menos la torre como un gran monumento histórico.

Y es que el campanario, otorgaba un sello peculiar al conjunto,  que a mediados del siglo XVIII, y según  Félix de Arrate, era  de tres claustros, el primero labrado de columnas y arcos de piedras y los otros de madera “con todas las aulas correspondientes a los escolares y religiosos, que entonces eran más de cincuenta“.  Pero en su descripción minuciosa Arrate no menciona la torre, que no debió existir o no se alzaba como aparecía ya a finales del siglo, con sus cuatro cuerpos, separados por  sendos entablamentos, al decir de Weiss “admirablemente  graduados en altura y ancho decrecientes, como también estaban graduadas las aberturas semicirculares de cada piso, con un gran sentido de la relación de vanos y macizos”.

La torre fue  considerada  una de las más elevadas de la ciudad y tan parte del entorno que el músico y compositor Sánchez de Fuentes gustaba decir en broma que era contemporánea con la fundación de La Habana.

Se asegura que tuvo solo un rival por mucho tiempo: el campanario del Convento de San Francisco de Asís.

Desde la esquina de O´Reilly y Mercaderes, en 1898 aún podía verse el hermosísimo campanario adosado a la iglesia conventual, reconstruida y remodelada según estilos decimonónicos,  lejanos los tiempos ya en que todo el inmueble pertenecía a la orden de Santo Domingo y  —entre 1728 y 1842— a la Real y Pontificia Universidad de San Gerónimo de La Habana.  A partir de entonces la iglesia se desgajó del resto del inmueble, donde se mantuvo por un  tiempo la secularizada Real y Literaria Universidad de La Habana, luego El Monte de Piedad, más tarde el Cuerpo de Ingenieros, seguido de la Primera Estación de Policía, y por último, como sede del instituto de Segunda Enseñanza. Cuentan que finalmente poco antes de la famosa subasta,  era casa de vecindad.  Milagrosamente fueron conservadas aquellas  campanas originales de la primera universidad.